収穫したばかりの生き生きとしたバジルが、冷蔵庫に入れて数時間でどす黒く変色してしまう現象には、明確な植物生理学的理由があります。バジルは寒さに非常に弱い熱帯性の植物であり、8〜10℃を下回る環境に置かれると細胞壁が壊れ、細胞内の水分が漏れ出す「低温障害」を引き起こします。
細胞が破壊されると、内部に含まれるポリフェノール化合物と酸化酵素（ポリフェノールオキシダーゼ）が酸素と結びつき、メラニン様物質を急速に生成します。これが黒ずみの正体です。さらに、金属製の包丁で組織を押しつぶしたり、水洗いの際に強い圧力をかけたりすることでも同様の酵素反応が連鎖します。
したがって、バジルの保存における至上命題は「冷やしすぎないこと」、そして長期保存の場合は「酵素の働きを物理的・熱的に断ち切ること」の2点に集約されます。
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