赤しそジュースのクオリティを決定づけるもう一つの重要な要素は、鍋に火をかける前の「下準備」です。畑から収穫された赤しその葉には、細かな土や砂だけでなく、特有のアク成分が含まれています。
葉を枝からちぎり取る作業（正味の葉のみを選別する作業）を行った後、大きなボウルにたっぷりの水を張り、最低でも3回から4回は水を替えながら押し洗いを行います。この水洗いを怠ると、煮汁に泥臭さが移り、飲む際にざらつきを感じる原因になります。洗った後はしっかりとザルに上げ、水気を十分に切ることが、煮汁の濃度を薄めないための秘訣です。
保存容器の殺菌も妥協できません。耐熱ガラス瓶を使用する場合は、大きな鍋で水から沸騰させて5分以上煮沸消毒を行うか、高濃度の食品用アルコール（パストリーゼ等）を瓶の内側と蓋のパッキン部分まで入念に吹き付けて乾燥させます。水滴が1滴でも残っていると、そこから雑菌が繁殖してシロップ全体が台無しになります。
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