焼き上がった直後のクッキーは、内部に高温の水蒸気を抱えているため、柔らかく頼りない状態です。ここで焦って触ったり密閉容器に入れたりすると、蒸気が閉じ込められてサクサク食感が台無しになります。天板やトースターの網からケーキクーラー（または清潔な魚焼きグリルの網など）に移し、完全に冷めるまで最低20〜30分放置することが必須条件です。冷める過程で油脂が再結晶化し、構造が固定されます。
バターなし・植物油ベースで作ったクッキーは、バター製に比べて油脂の酸化耐性が高く、室温での保存性に優れています。完全に冷めた後、乾燥剤（シリカゲル）を同封した密閉保存袋またはガラスキャニスターに入れて常温保存した場合、風味を損なわずに美味しく食べられる期間は約5日〜7日間です。
もし長期間ストックしたい場合は、焼いた後ではなく「焼く前の生地」の段階で冷凍するのがベストプラクティスです。棒状に成形した生地をラップでぴっちり包み、密閉袋に入れて冷凍庫に保管すれば、約3週間〜1ヶ月間品質を保てます。食べたい時に凍ったまま包丁で5ミリ幅にスライスし、トースターで通常より2分長めに焼くだけで、いつでも焼きたての香りを再現できます。
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