血液検査でヘモグロビン濃度の低下を指摘される貧血は、全身の細胞だけでなく中枢神経系を慢性的な酸素飢餓に陥れる。酸素の運搬役が不足しているため、心臓は拍出量を増やそうとするが、毛細血管の末端までは十分に行き渡らない。この代償動作として、あくびによる強制的な酸素取り込みが誘発される。
一方、過度な糖質制限や不規則な食事によって引き起こされる低血糖も、生あくびの主因だ。脳の重量は体重のわずか約2%にすぎないが、全身で消費されるブドウ糖の約20%を貪欲に消費する。血中グルコース濃度が急落すると、中枢神経はエネルギー危機に直面し、覚醒度を維持できずに連続的なあくびを発生させる。
偏頭痛の発作前段階にも注意が必要だ。血管作動性物質の急激な変動により、頭痛が発症する数時間前から脳血管の攣縮や拡張が水面下で進む。この血管トーヌスの変化によって生じる生あくびは、まもなく訪れる激烈な痛みの前触れ（予兆期症状）として知られている。
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